Υπάρχουν εκατοντάδες πτητικές ουσίες στον εκπνεόμενο αέρα των ανθρώπων, μερικές από τις οποίες συνδέονται στενά με παθολογικές διαταραχές στον οργανισμό. Για τη διάγνωση των γαστρεντερικών παθολογικών καταστάσεων, χρησιμοποιείται η μέτρηση των αερίων υδρογόνου (H₂) και μεθάνιου (CH₄), που προέρχονται από τον μεταβολισμό των μικροβίων του εντέρου. Για το λόγο αυτό, η ανάλυση των εκπνεόμενων αερίων έχει καθιερωθεί ως μια τυπική μέθοδος για τη διάγνωση της δυσανεξίας στους υδατάνθρακες και του συνδρόμου βακτηριακής υπερανάπτυξης του λεπτού εντέρου SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth). Ειδικά κατά τη διάγνωση του SIBO, ο καθιερωμένος προσδιορισμός του H₂ μπορεί να συμπληρωθεί με τη μέτρηση του CH₄. Οι αναλύσεις των αερίων της αναπνοής καθιστούν δυνατή τη λήψη πληροφοριών σχετικά με την εντερική ανοχή σε διάφορους υδατάνθρακες και τη μικροβιακή κατάσταση του λεπτού εντέρου με απλό, άμεσο και μη επεμβατικό τρόπο.